Die wissenschaftliche Zusammenarbeit mit der LMU hat eine lange Tradition. So trägt die Schön Klinik Bad Aibling Harthausen als akademisches Lehrkrankenhaus zur wissenschaftlichen und praktischen Ausbildung der angehenden Ärztinnen und Ärzte bei. Darüber hinaus manifestiert sich die Zusammenarbeit in zahlreichen gemeinsamen Projekten, Publikationen und wissenschaftlichen Veranstaltungen.